Ja, passt.

Der Fabia Combi hat allerdings 50mm Rohrdurchmesser, während der FR 55mm Rohrdurchmesser hat. Du brauchst also noch einen Rohradapter.
Oder du baust auch die Downpipe vom FR an den Combi (falls 1.9TDI 100PS).

Braucht man dafür dann eine Eintragung?

Es gibt ja den Ansaugtrakt vom Cupra, der ja ein bisschen mehr Luft reinlassen soll.
Bringt der Auspuff auch irgendwie eine Entlastung?

Ein bisschen hilft, da weniger Abgasgegendruck. Warum eintragen, sieht aus wie Serie und sind Serienteile. Das wird nie einer merken, geschweige denn sich mit nem Messchieber unters Auto legen.

Wer auf der sicheren Seite sein will, lässt das Eintragen, weil nicht zu merken (was eh oft ein Trugschluss ist) nichts an den gesetzlichen Regelungen ändert. Problem dabei ist aber, dass die Kosten für eine korrekte Eintragung hier alle vernünftigen Grenzen sprengen.